第 ３ ２ 卷 第 ９ 期 ２ ０ １ ９ 年 ９ 月 環 境 科 學 研 究 Ｒ ｅ ｓ ｅ ａ ｒ ｃ ｈ ｏ ｆ Ｅ ｎ ｖ ｉ ｒ ｏ ｎ ｍ ｅ ｎ ｔ ａ ｌ Ｓ ｃ ｉ ｅ ｎ ｃ ｅ ｓ Ｖ ｏ ｌ . ３ ２ ? Ｎ ｏ . ９ Ｓ ｅ ｐ . ? ２ ０ １ ９ 收 稿 日 期 ２ ０ １ ８ ￣ ０ ３ ￣ ２ ６ 修 訂 日 期 ２ ０ １ ９ ￣ ０ １ ￣ １ ８ 作 者 簡 介 王 怡 １ ９ ９ ５ ￣ ? 女 ? 湖 北 武 漢 人 ? ５ ４ ２ ３ ４ ３ ２ ６ ９ ＠ ｑ ｑ . ｃ ｏ ｍ . ? 責 任 作 者 ? 何 冬 蘭 １ ９ ６ ４ ￣ ? 女 ? 湖 北 武 漢 人 ? 教 授 ? 碩 士 ? 主 要 從 事 微 生 物 資 源 的 開 發 與 利 用 研 究 ? ｈ ｄ ｌ ＠ ｍ ａ ｉ ｌ . ｓ ｃ ｕ ｅ ｃ . ｅ ｄ ｕ . ｃ ｎ 基 金 項 目 國 家 自 然 科 學 基 金 項 目 Ｎ ｏ . ３ １ ０ ７ ０ ０ ８ ７ Ｓ ｕ ｐ ｐ ｏ ｒ ｔ ｅ ｄ ｂ ｙ Ｎ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ａ ｌ Ｎ ａ ｔ ｕ ｒ ａ ｌ Ｓ ｃ ｉ ｅ ｎ ｃ ｅ Ｆ ｏ ｕ ｎ ｄ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｏ ｆ Ｃ ｈ ｉ ｎ ａ Ｎ ｏ . ３ １ ０ ７ ０ ０ ８ ７ 基 于 Ｍ ｉ Ｓ ｅ ｑ 測 序 分 析 酸 性 農 作 物 土 壤 細 菌 群 落 結 構 與 多 樣 性 王 怡 ? 常 彬 河 ? 劉 月 ? 梁 建 軍 ? 薛 芷 筠 ? 張 澤 文 ? 何 冬 蘭 ? 中 南 民 族 大 學 ? 湖 北 省 微 生 物 資 源 與 利 用 工 程 技 術 研 究 中 心 ? 湖 北 武 漢 ４ ３ ０ ０ ７ ４ 摘 要 為 分 析 酸 性 農 田 土 壤 中 微 生 物 群 落 結 構 ? 探 尋 酸 化 土 壤 的 綜 合 治 理 途 徑 ? 以 湖 北 恩 施 土 家 族 苗 族 自 治 州 利 川 市 酸 性 農 作 物 土 壤 為 研 究 對 象 ? 應 用 Ｉ ｌ ｌ ｕ ｍ ｉ ｎ ａ Ｍ ｉ Ｓ ｅ ｑ 高 通 量 測 序 技 術 ? 測 定 酸 性 土 壤 中 總 細 菌 和 經 馴 化 的 可 培 養 細 菌 的 １ ６ Ｓ ｒ Ｒ Ｎ Ａ 基 因 Ｖ ３ Ｖ ４ 變 異 區 序 列 ? 確 定 不 同 農 作 物 土 壤 中 總 細 菌 和 可 培 養 細 菌 的 群 落 結 構 ? 并 探 討 土 壤 理 化 因 子 對 土 壤 總 細 菌 群 落 結 構 的 影 響 . 結 果 表 明 白 菜 地 、 煙 草 地 、 山 藥 地 、 草 莓 地 、 玉 米 地 及 萵 苣 地 這 ６ 種 農 作 物 土 壤 中 總 細 菌 和 可 培 養 細 菌 在 ９ ７ ％ 的 相 似 水 平 下 得 到 的 Ｏ Ｔ Ｕ ｓ ｏ ｐ ｅ ｒ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ａ ｌ ｔ ａ ｘ ｏ ｎ ｏ ｍ ｉ ｃ ｕ ｎ ｉ ｔ ｓ ? 操 作 分 類 單 元 數 量 分 別 為 ４ ０ ０ ８ 和 ９ ７ 個 . 在 門 水 平 上 ? 土 壤 總 細 菌 中 有 １ ２ 個 門 類 的 細 菌 相 對 豐 度 大 于 １ ％ ? Ｐ ｒ ｏ ｔ ｅ ｏ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ 、 Ａ ｃ ｉ ｄ ｏ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ 和 Ｃ ｈ ｌ ｏ ｒ ｏ ｆ ｌ ｅ ｘ ｉ 為 優 勢 菌 門 細 菌 ? 可 培 養 細 菌 中 僅 有 ３ 個 門 類 細 菌 相 對 豐 度 高 于 １ ％ ? 即 Ｆ ｉ ｒ ｍ ｉ ｃ ｕ ｔ ｅ ｓ 、 Ｐ ｒ ｏ ｔ ｅ ｏ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ 和 Ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｏ ｉ ｄ ｅ ｔ ｅ ｓ . 在 Ｏ Ｔ Ｕ 水 平 上 ? 土 壤 總 細 菌 沿 ｐ Ｈ 梯 度 將 ６ 種 土 壤 樣 品 分 為 ２ 類 ? 即 ｐ Ｈ ５ ?? ５ 的 煙 草 地 、 白 菜 地 和 草 莓 地 . 此 外 ? 冗 余 分 析 Ｒ Ｄ Ａ 結 果 顯 示 ? Ａ ｃ ｉ ｄ ｏ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ 的 相 對 豐 度 與 ｐ Ｈ 呈 正 相 關 ? Ｆ ｉ ｒ ｍ ｉ ｃ ｕ ｔ ｅ ｓ 和 Ｒ ｏ ｔ ｅ ｏ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ 的 相 對 豐 度 均 與 ｗ Ｔ Ｎ 、 ｗ Ｔ Ｐ 、 ｗ Ｔ Ｃ 呈 正 相 關 . 系 統 進 化 樹 分 析 表 明 ? 相 對 豐 度 位 于 前 ３ ０ 位 的 細 菌 與 亞 洲 地 區 發 現 細 菌 的 １ ６ Ｓ ｒ Ｒ Ｎ Ａ 基 因 序 列 同 源 性 較 高 . 研 究 顯 示 ? Ｉ ｌ ｌ ｕ ｍ ｉ ｎ ａ Ｍ ｉ Ｓ ｅ ｑ 測 序 能 夠 較 為 全 面 地 解 析 酸 性 土 壤 中 總 細 菌 和 可 培 養 細 菌 的 多 樣 性 ? 馴 化 過 程 極 大 地 減 少 了 細 菌 的 種 類 ? 同 時 ? 發 現 細 菌 群 落 結 構 的 相 似 性 可 能 因 樣 本 來 源 的 地 理 距 離 的 增 加 而 衰 減 . 關 鍵 詞 酸 性 土 壤 ? Ｍ ｉ Ｓ ｅ ｑ 測 序 ? 理 化 因 子 ? 細 菌 群 落 ? 可 培 養 細 菌 ? 土 壤 總 細 菌 中 圖 分 類 號 Ｘ １ ７ １ 文 章 編 號 １ ０ ０ １ ￣ ６ ９ ２ ９ ２ ０ １ ９ ０ ９ ￣ １ ５ ７ ５ ￣ ０ ９ 文 獻 標 志 碼 Ａ Ｄ Ｏ Ｉ １ ０ ?? １ ３ １ ９ ８ ∕ ｊ ?? ｉ ｓ ｓ ｎ ?? １ ０ ０ １ ￣ ６ ９ ２ ９ ?? ２ ０ １ ９ ?? ０ １ ?? ０ ６ Ａ ｎ ａ ｌ ｙ ｓ ｉ ｓ ｏ ｆ Ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｌ Ｃ ｏ ｍ ｍ ｕ ｎ ｉ ｔ ｙ Ｃ ｏ ｍ ｐ ｏ ｓ ｉ ｔ ｉ ｏ ｎ ａ ｎ ｄ Ｄ ｉ ｖ ｅ ｒ ｓ ｉ ｔ ｙ ｉ ｎ Ａ ｃ ｉ ｄ Ｓ ｏ ｉ ｌ Ｕ ｓ ｉ ｎ ｇ Ｍ ｉ Ｓ ｅ ｑ Ｓ ｅ ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｉ ｎ ｇ Ｗ Ａ Ｎ Ｇ Ｙ ｉ ? Ｃ Ｈ Ａ Ｎ Ｇ Ｂ ｉ ｎｈ ｅ ? Ｌ Ｉ Ｕ Ｙ ｕ ｅ ? Ｌ Ｉ Ａ Ｎ Ｇ Ｊ ｉ ａ ｎ ｊ ｕ ｎ ? Ｘ Ｕ Ｅ Ｚ ｈｉ ｊ ｕｎ ? Ｚ Ｈ Ａ Ｎ Ｇ Ｚ ｅ ｗ ｅ ｎ ? Ｈ Ｅ Ｄ ｏ ｎｇ ｌ ａ ｎ ? Ｈ ｕ ｂ ｅ ｉ Ｅ ｎ ｇ ｉ ｎ ｅ ｅ ｒ ｉ ｎ ｇ ａ ｎ ｄ Ｔ ｅ ｃ ｈ ｎ ｏ ｌ ｏ ｇ ｉ ｃ ａ ｌ Ｒ ｅ ｓ ｅ ａ ｒ ｃ ｈ Ｃ ｅ ｎ ｔ ｅ ｒ ｆ ｏ ｒ Ｍ ｉ ｃ ｒ ｏ ｂ ｉ ａ ｌ Ｒ ｅ ｓ ｏ ｕ ｒ ｃ ｅ ｓ ａ ｎ ｄ Ｕ ｔ ｉ ｌ ｉ ｚ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ? Ｓ ｏ ｕ ｔ ｈ ￣ Ｃ ｅ ｎ ｔ ｒ ａ ｌ Ｕ ｎ ｉ ｖ ｅ ｒ ｓ ｉ ｔ ｙ ｆ ｏ ｒ Ｎ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ａ ｌ ｉ ｔ ｉ ｅ ｓ ? Ｗ ｕ ｈ ａ ｎ ４ ３ ０ ０ ７ ４ ? Ｃ ｈ ｉ ｎ ａ Ａ ｂ ｓ ｔ ｒ ａ ｃ ｔ Ｉ ｎ ｏ ｒ ｄ ｅ ｒ ｔ ｏ ｄ ｅ ｔ ｅ ｒ ｍ ｉ ｎ ｅ ｔ ｈ ｅ ｍ ｉ ｃ ｒ ｏ ｂ ｉ ａ ｌ ｃ ｏ ｍ ｍ ｕ ｎ ｉ ｔ ｙ ｃ ｏ ｍ ｐ ｏ ｓ ｉ ｔ ｉ ｏ ｎ ｉ ｎ ａ ｃ ｉ ｄ ｉ ｃ ｆ ａ ｒ ｍ ｌ ａ ｎ ｄ ｓ ｏ ｉ ｌ ａ ｎ ｄ ｅ ｘ ｐ ｌ ｏ ｒ ｅ ｔ ｈ ｅ ｃ ｏ ｍ ｐ ｒ ｅ ｈ ｅ ｎ ｓ ｉ ｖ ｅ ｔ ｒ ｅ ａ ｔ ｍ ｅ ｎ ｔ ｏ ｆ ａ ｃ ｉ ｄ ｉ ｆ ｉ ｅ ｄ ｓ ｏ ｉ ｌ ? ａ ｃ ｉ ｄ ｉ ｃ ｓ ｏ ｉ ｌ ｓ ａ ｍ ｐ ｌ ｅ ｓ ｃ ｏ ｌ ｌ ｅ ｃ ｔ ｅ ｄ ｆ ｒ ｏ ｍ Ｌ ｉ ｃ ｈ ｕ ａ ｎ Ｃ ｉ ｔ ｙ ? Ｅ ｎ ｓ ｈ ｉ Ｔ ｕ ｊ ｉ ａ ａ ｎ ｄ Ｍ ｉ ａ ｏ Ａ ｕ ｔ ｏ ｎ ｏ ｍ ｏ ｕ ｓ Ｐ ｒ ｅ ｆ ｅ ｃ ｔ ｕ ｒ ｅ ? Ｈ ｕ ｂ ｅ ｉ Ｐ ｒ ｏ ｖ ｉ ｎ ｃ ｅ ? ｗ ｅ ｒ ｅ ｓ ｅ ｌ ｅ ｃ ｔ ｅ ｄ ａ ｓ ｒ ｅ ｓ ｅ ａ ｒ ｃ ｈ ｏ ｂ ｊ ｅ ｃ ｔ ｓ ? ａ ｎ ｄ ｔ ｈ ｅ １ ６ Ｓ ｒ Ｒ Ｎ Ａ ｇ ｅ ｎ ｅ Ｖ ３ ￣ Ｖ ４ ｖ ａ ｒ ｉ ａ ｂ ｌ ｅ ｒ ｅ ｇ ｉ ｏ ｎ ｏ ｆ ｔ ｏ ｔ ａ ｌ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ａ ｎ ｄ ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ａ ｂ ｌ ｅ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｉ ｎ ｅ ａ ｃ ｈ ｓ ｏ ｉ ｌ ｓ ａ ｍ ｐ ｌ ｅ ｗ ｅ ｒ ｅ ｓ ｅ ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｅ ｄ ｕ ｓ ｉ ｎ ｇ Ｉ ｌ ｌ ｕ ｍ ｉ ｎ ａ ｓ ｅ ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｉ ｎ ｇ . Ｕ ｓ ｉ ｎ ｇ ｔ ｈ ｉ ｓ ｍ ｅ ｔ ｈ ｏ ｄ ｏ ｌ ｏ ｇ ｙ ? ｔ ｈ ｅ ｅ ｆ ｆ ｅ ｃ ｔ ｓ ｏ ｆ ｓ ｏ ｉ ｌ ｐ ｈ ｙ ｓ ｉ ｃ ｏ ｃ ｈ ｅ ｍ ｉ ｃ ａ ｌ ｐ ｒ ｏ ｐ ｅ ｒ ｔ ｉ ｅ ｓ ｏ ｎ ｔ ｈ ｅ ｃ ｏ ｍ ｍ ｕ ｎ ｉ ｔ ｙ ｓ ｔ ｒ ｕ ｃ ｔ ｕ ｒ ｅ ｏ ｆ ｔ ｏ ｔ ａ ｌ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｉ ｎ ｓ ｏ ｉ ｌ ｓ ｗ ｅ ｒ ｅ ｉ ｎ ｖ ｅ ｓ ｔ ｉ ｇ ａ ｔ ｅ ｄ . Ｔ ｈ ｅ ｒ ｅ ｓ ｕ ｌ ｔ ｓ ｄ ｅ ｍ ｏ ｎ ｓ ｔ ｒ ａ ｔ ｅ ｄ ｔ ｈ ａ ｔ ４ ０ ０ ８ ｔ ｏ ｔ ａ ｌ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ａ ｎ ｄ ９ ７ Ｏ Ｔ Ｕ ｓ ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ａ ｂ ｌ ｅ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｆ ｒ ｏ ｍ Ｃ ｈ ｉ ｎ ｅ ｓ ｅ ｃ ａ ｂ ｂ ａ ｇ ｅ ? ｔ ｏ ｂ ａ ｃ ｃ ｏ ? ｙ ａ ｍ ? ｓ ｔ ｒ ａ ｗ ｂ ｅ ｒ ｒ ｙ ? ｍ ａ ｉ ｚ ｅ ａ ｎ ｄ ｌ ｅ ｔ ｔ ｕ ｃ ｅ ａ ｔ ９ ７ ％ ｓ ｉ ｍ ｉ ｌ ａ ｒ ｌ ｅ ｖ ｅ ｌ ｗ ｅ ｒ ｅ ｆ ｏ ｕ ｎ ｄ . Ａ ｔ ｐ ｈ ｙ ｌ ｕ ｍ ｌ ｅ ｖ ｅ ｌ ? １ ２ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｌ ｇ ｒ ｏ ｕ ｐ ｓ ｗ ｈ ｏ ｓ ｅ ｒ ｅ ｌ ａ ｔ ｉ ｖ ｅ ａ ｂ ｕ ｎ ｄ ａ ｎ ｃ ｅ ｗ ｅ ｒ ｅ ｍ ｏ ｒ ｅ ｔ ｈ ａ ｎ １ ％ ? ｗ ｈ ｉ ｌ ｓ ｔ Ｐ ｒ ｏ ｔ ｅ ｏ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ? Ａ ｃ ｉ ｄ ｏ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ? ａ ｎ ｄ Ｃ ｈ ｌ ｏ ｒ ｏ ｆ ｌ ｅ ｘ ｉ ｗ ｅ ｒ ｅ ｔ ｈ ｅ ｄ ｏ ｍ ｉ ｎ ａ ｎ ｔ ｐ ｈ ｙ ｌ ａ . Ｔ ｈ ｅ ｒ ｅ ｗ ｅ ｒ ｅ ｏ ｎ ｌ ｙ ３ ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ａ ｂ ｌ ｅ ｐ ｈ ｙ ｌ ａ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｗ ｈ ｏ ｓ ｅ ｒ ｅ ｌ ａ ｔ ｉ ｖ ｅ ａ ｂ ｕ ｎ ｄ ａ ｎ ｃ ｅ ｗ ｅ ｒ ｅ ｍ ｏ ｒ ｅ ｔ ｈ ａ ｎ １ ％ ? ｎ ａ ｍ ｅ ｌ ｙ Ｆ ｉ ｒ ｍ ｉ ｃ ｕ ｔ ｅ ｓ ? Ｐ ｒ ｏ ｔ ｅ ｏ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ａ ｎ ｄ Ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｏ ｉ ｄ ｅ ｔ ｅ ｓ . Ａ ｔ Ｏ Ｔ Ｕ ｌ ｅ ｖ ｅ ｌ ? ｓ ｏ ｉ ｌ ｔ ｏ ｔ ａ ｌ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｃ ｏ ｕ ｌ ｄ ｂ ｅ ｄ ｉ ｖ ｉ ｄ ｅ ｄ ｉ ｎ ｔ ｏ ｔ ｗ ｏ ｇ ｒ ｏ ｕ ｐ ｓ ａ ｃ ｒ ｏ ｓ ｓ ｐ Ｈ ｇ ｒ ａ ｄ ｉ ｅ ｎ ｔ ｐ Ｈ ５ ?? ５ ｔ ｏ ｂ ａ ｃ ｃ ｏ ? ｃ ａ ｂ ｂ ａ ｇ ｅ ａ ｎ ｄ ｓ ｔ ｒ ａ ｗ ｂ ｅ ｒ ｒ ｙ ｆ ｉ ｅ ｌ ｄ ｓ . Ｒ Ｄ Ａ ａ ｎ ａ ｌ ｙ ｓ ｉ ｓ ｅ ｘ ｈ ｉ ｂ ｉ ｔ ｅ ｄ ｔ ｈ ａ ｔ ｔ ｈ ｅ ｒ ｅ ｌ ａ ｔ ｉ ｖ ｅ ａ ｂ ｕ ｎ ｄ ａ ｎ ｃ ｅ ｏ ｆ Ａ ｃ ｉ ｄ ｏ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｗ ａ ｓ ｐ ｏ ｓ ｉ ｔ ｉ ｖ ｅ ｌ ｙ ｒ ｅ ｌ ａ ｔ ｅ ｄ ｔ ｏ ｐ Ｈ ? ｗ ｈ ｉ ｌ ｅ ｔ ｈ ｅ ａ ｂ ｕ ｎ ｄ ａ ｎ ｃ ｅ ｏ ｆ Ｆ ｉ ｒ ｍ ｉ ｃ ｕ ｔ ｅ ｓ ｏ ｒ Ｐ ｒ ｏ ｔ ｅ ｏ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｗ ａ ｓ ｐ ｏ ｓ ｉ ｔ ｉ ｖ ｅ ｌ ｙ ｃ ｏ ｒ ｒ ｅ ｌ ａ ｔ ｅ ｄ ｔ ｏ ｗ Ｔ Ｎ ? ｗ Ｔ Ｐ ? ｗ Ｔ Ｃ . Ｔ ｈ ｅ ｐ ｈ ｙ ｌ ｏ ｇ ｅ ｎ ｅ ｔ ｉ ｃ ｔ ｒ ｅ ｅ ｓ ｈ ｏ ｗ ｅ ｄ ｔ ｈ ａ ｔ ｔ ｈ ｅ ｔ ｏ ｐ ３ ０ Ｏ Ｔ Ｕ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｈ ａ ｄ ｈ ｉ ｇ ｈ ｅ ｒ ｈ ｏ ｍ ｏ ｌ ｏ ｇ ｙ ｗ ｉ ｔ ｈ ｔ ｈ ｅ １ ６ Ｓ ｒ Ｒ Ｎ Ａ ｇ ｅ ｎ ｅ ｓ ｅ ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｅ ｏ ｆ ｔ ｈ ｅ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｆ ｏ ｕ ｎ ｄ ｉ ｎ Ａ ｓ ｉ ａ . Ｔ ｈ ｅ ｓ ｅ ｒ ｅ ｓ ｕ ｌ ｔ ｓ ｓ ｈ ｏ ｗ ｅ ｄ ｔ ｈ ａ ｔ Ｉ ｌ ｌ ｕ ｍ ｉ ｎ ａ Ｍ ｉ Ｓ ｅ ｑ ｓ ｅ ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｉ ｎ ｇ ｃ ａ ｎ ｃ ｏ ｍ ｐ ｒ ｅ ｈ ｅ ｎ ｓ ｉ ｖ ｅ ｌ ｙ ａ ｎ ａ ｌ ｙ ｚ ｅ ｔ ｈ ｅ ｄ ｉ ｖ ｅ ｒ ｓ ｉ ｔ ｙ ｏ ｆ ｔ ｏ ｔ ａ ｌ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ａ ｎ ｄ ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ａ ｂ ｌ ｅ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｉ ｎ ａ ｃ ｉ ｄ ｉ ｃ ｓ ｏ ｉ ｌ ｓ ? 環 境 科 學 研 究 第 ３ ２ 卷 ａ ｎ ｄ ｔ ｈ ａ ｔ ｔ ｈ ｅ ｄ ｏ ｍ ｅ ｓ ｔ ｉ ｃ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｐ ｒ ｏ ｃ ｅ ｓ ｓ ｇ ｒ ｅ ａ ｔ ｌ ｙ ｒ ｅ ｄ ｕ ｃ ｅ ｓ ｔ ｈ ｅ ｓ ｐ ｅ ｃ ｉ ｅ ｓ ｏ ｆ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ? ａ ｔ ｔ ｈ ｅ ｓ ａ ｍ ｅ ｔ ｉ ｍ ｅ ? ｔ ｈ ｅ ｓ ｉ ｍ ｉ ｌ ａ ｒ ｉ ｔ ｙ ｏ ｆ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｌ ｃ ｏ ｍ ｍ ｕ ｎ ｉ ｔ ｙ ｓ ｔ ｒ ｕ ｃ ｔ ｕ ｒ ｅ ｍ ａ ｙ ｄ ｅ ｃ ｒ ｅ ａ ｓ ｅ ｗ ｉ ｔ ｈ ｔ ｈ ｅ ｉ ｎ ｃ ｒ ｅ ａ ｓ ｅ ｏ ｆ ｇ ｅ ｏ ｇ ｒ ａ ｐ ｈ ｉ ｃ ｄ ｉ ｓ ｔ ａ ｎ ｃ ｅ . Ｋ ｅ ｙ ｗ ｏ ｒ ｄ ｓ ａ ｃ ｉ ｄ ｓ ｏ ｉ ｌ ? Ｍ ｉ Ｓ ｅ ｑ ｓ ｅ ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｉ ｎ ｇ ? ｐ ｈ ｙ ｓ ｉ ｃ ｏ ｃ ｈ ｅ ｍ ｉ ｃ ａ ｌ ｆ ａ ｃ ｔ ｏ ｒ ｓ ? ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ｌ ｃ ｏ ｍ ｍ ｕ ｎ ｉ ｔ ｙ ? ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ａ ｂ ｌ ｅ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ ? ｓ ｏ ｉ ｌ ｔ ｏ ｔ ａ ｌ ｂ ａ ｃ ｔ ｅ ｒ ｉ ａ土 壤 酸 化 是 全 世 界 面 臨 的 最 大 的 農 業 環 境 問 題 之 一 [ １ ] . Ｇ Ｕ Ｏ 等 [ ２ ] 研 究 表 明 ? 我 國 有 ９０ ％ 的 農 田 土 壤 發 生 了 不 同 程 度 的 酸 化 現 象 ? 土 壤 ｐＨ 平 均 值 下 降 了 ０?? １３ ０ ?? ８ 個 單 位 [ ３ ] . 我 國 南 方 土 壤 酸 化 問 題 更 加 突 出 ? 大 部 分 土 壤 ｐ Ｈ 低 于 ５ ?? ５ [ ４ ] . 自 ２０ 世 紀 ８０ 年 代 初 以 來 ? 人 為 活 動 如 酸 性 氣 體 排 放 和 氨 氮 化 肥 濫 用 加 快 了 土 壤 酸 化 的 速 度 [ ２ ? ５ ] . 酸 性 土 壤 引 起 土 壤 礦 質 元 素 不 足 和 鋁 含 量 偏 高 ? 進 而 影 響 作 物 生 長 [ ６ ￣ ７ ] 和 土 壤 微 生 物 活 動 [ ８ ] . 此 外 ? 耕 作 致 使 土 壤 理 化 性 質 發 生 變 化 ? 從 而 使 微 生 物 群 落 發 生 改 變 [ ９ ] . 土 壤 微 生 物 是 土 壤 的 重 要 組 成 成 分 ? 對 生 物 地 球 化 學 循 環 以 及 對 植 物 生 長 和 氣 候 調 節 等 陸 地 生 態 系 統 的 生 態 功 能 起 著 不 可 替 代 的 作 用 [ １ ０ ] . 土 壤 微 生 物 群 落 變 化 在 一 定 程 度 上 可 以 反 映 土 壤 質 量 的 變 化 趨 勢 [ １ １ ] ? 土 壤 ｐ Ｈ 等 理 化 因 子 是 影 響 微 生 物 種 類 和 數 量 的 重 要 因 素 [ ８ ? １ １ ] . 細 菌 是 土 壤 中 含 量 最 豐 富 、 分 布 最 廣 泛 的 微 生 物 類 群 ? 其 廣 泛 參 與 土 壤 營 養 物 質 的 循 環 過 程 [ １ ２ ] ? 因 而 具 有 巨 大 的 開 發 利 用 價 值 . Ｉ ｌ ｌ ｕｍ ｉ ｎａ 公 司 開 發 的 Ｍ ｉ Ｓ ｅ ｑ 高 通 量 測 序 技 術 避 免 了 通 量 低 、 準 確 率 低 及 操 作 復 雜 等 問 題 [ １ ３ ] ? 較 傳 統 的 ４５ ４ 焦 磷 酸 測 序 法 更 適 合 分 析 環 境 中 細 菌 群 落 結 構 多 樣 性 [ １ ４ ] . 該 研 究 所 用 土 壤 采 集 自 湖 北 恩 施 土 家 族 苗 族 自 治 州 利 川 市 農 作 物 田 間 ? 由 于 土 壤 酸 化 ? 該 地 農 作 物 長 勢 不 好 . 有 鑒 于 此 ? 筆 者 擬 探 索 土 壤 酸 化 對 土 壤 細 菌 群 落 結 構 的 影 響 ? 因 而 在 試 驗 中 不 考 慮 作 物 的 種 植 類 型 、 輪 作 方 式 、 管 理 歷 史 、 施 肥 處 理 和 農 藥 施 加 對 土 壤 里 細 菌 群 落 的 影 響 ? 僅 考 慮 不 同 ｐＨ 土 壤 中 細 菌 群 落 結 構 與 土 壤 理 化 性 質 的 關 系 . 該 研 究 通 過 Ｉ ｌ ｌ ｕｍ ｉ ｎ ａ Ｍ ｉ Ｓｅ ｑ 測 序 技 術 分 析 酸 性 土 壤 總 細 菌 和 可 培 養 細 菌 的 群 落 結 構 ? 探 討 土 壤 理 化 因 子 對 細 菌 群 落 結 構 的 影 響 ? 以 期 為 酸 性 土 壤 的 治 理 和 適 種 作 物 的 選 取 提 供 指 導 ? 同 時 為 從 酸 性 土 壤 中 定 向 篩 選 耐 酸 性 的 可 培 養 細 菌 提 供 數 據 基 礎 和 理 論 依 據 . １ 材 料 與 方 法 １?? １ 土 樣 采 集 與 處 理 所 用 土 壤 于 ２０ １６ 年 ６ 月 采 集 自 湖 北 恩 施 土 家 族 苗 族 自 治 州 利 川 市 ２９ ４２ ′ Ｎ 、 １０８ ２ １ ′ Ｅ 的 白 菜 地 、 煙 草 地 、 山 藥 地 、 草 莓 地 、 玉 米 地 以 及 萵 苣 地 . 將 土 樣 分 為 兩 份 一 份 于 室 內 風 干 ? 分 別 過 １ 和 ０?? １５ ｍ ｍ 的 篩 子 ? 用 于 土 壤 理 化 因 子 分 析 ? 另 一 份 保 存 于 － ８０ ℃ 冰 箱 中 ? 用 于 后 續 總 Ｄ Ｎ Ａ 的 提 取 和 土 壤 理 化 因 子 的 測 定 . １ ?? ２ 土 壤 理 化 性 質 的 測 定 土 壤 ｐＨ 采 用 ｐＨ 計 測 定 ? 調 節 水 土 比 Ｖ ∶ ｍ 分 別 為 ２?? ５ ∶ １ 和 ５ ∶ １ . 土 壤 中 ｗ Ｔ Ｃ 采 用 重 鉻 酸 鉀 容 量 法 ￣ 外 加 熱 法 測 定 ? ｗ Ｔ Ｎ 采 用 半 微 量 凱 氏 法 測 定 ? ｗ Ｔ Ｐ 采 用 堿 熔 ￣ 鉬 銻 抗 分 光 光 度 法 測 定 ? ｗ Ｔ Ａ ｌ 采 用 電 感 耦 合 等 離 子 體 發 射 光 譜 法 測 定 ? ｗ Ｔ Ｃ ａ 采 用 氫 氟 酸 ￣ 高 氯 酸 消 解 法 測 定 [ １ ５ ] . １ ?? ３ 總 Ｄ Ｎ Ａ 的 提 取 與 １６ Ｓ ｒ Ｒ Ｎ Ａ 基 因 的 擴 增 稱 取 ５ ｇ 土 壤 樣 品 ? 分 別 加 入 ３００ ｍ Ｌ 牛 肉 膏 蛋 白 胨 培 養 基 牛 肉 膏 ３ ｇ ∕ Ｌ ? 蛋 白 胨 １０ ｇ ∕ Ｌ ? Ｎ ａ Ｃ ｌ ５ ｇ ∕ Ｌ ?ｐＨ 為 ７?? ０ ７ ?? ２ 中 ? 于 ３０ ℃ 、 １ ８０ ｒ ∕ ｍ ｉ ｎ 下 培 養 ７ ｄ . 采 用 土 壤 基 因 組 Ｄ Ｎ Ａ 提 取 試 劑 盒 Ｓｏ ｌ ａ ｒ ｂｉ ｏ ? 北 京 索 萊 寶 科 技 有 限 公 司 提 取 各 馴 化 培 養 液 中 細 菌 總 Ｄ Ｎ Ａ ? 此 即 為 可 培 養 細 菌 的 總 Ｄ Ｎ Ａ . 另 外 ? 稱 取 ０?? ５ ｇ 左 右 的 土 壤 樣 品 ? 使 用 土 壤 基 因 組 Ｄ Ｎ Ａ 提 取 試 劑 盒 提 取 土 壤 中 總 Ｄ Ｎ Ａ . 使 用 含 ｅ ｒ ｒ ｏ ｒ ￣ ｃ ｏ ｒ ｒ ｅ ｃ ｔ ｉ ｎｇ ｂａ ｒ ｃ ｏ ｄｅ ｓ 的 細 菌 通 用 引 物 ３ ３８ Ｆ ５ ′ ￣ Ａ Ｃ Ｔ Ｃ Ｃ Ｔ Ａ Ｃ Ｇ Ｇ Ｇ Ａ Ｇ Ｇ Ｃ Ａ Ｇ Ｃ Ａ ￣ ３ ′ 和 ８ ０ ６ Ｒ ５ ′ ￣ Ｇ Ｇ Ａ Ｃ Ｔ Ａ Ｃ Ｈ Ｖ Ｇ Ｇ Ｇ Ｔ Ｗ Ｔ Ｃ Ｔ Ａ Ａ Ｔ ￣ ３′ [ １ ６ ] 來 擴 增 細 菌 １ ６ Ｓ ｒ Ｒ Ｎ Ａ 基 因 片 段 . ２ ５ μ Ｌ Ｐ Ｃ Ｒ 反 應 體 系 １ μ Ｌ 總 Ｄ Ｎ Ａ ? ５ μ Ｌ ５ Ｆ ａ ｓ ｔ ｐｆ ｕ Ｂ ｕ ｆ ｆ ｅ ｒ ? １ μ Ｌ ｄＮ Ｔ Ｐ ｓ ２ ?? ５ ｍ ｍ ｏ ｌ ∕ Ｌ ? １ μ Ｌ 正 向 引 物 ５ μ ｍ ｏ ｌ ∕ Ｌ ? １ μ Ｌ 反 向 引 物 ５ μ ｍ ｏ ｌ ∕ Ｌ ? ０?? ５ μ Ｌ Ｔ ｒ ａ ｎｓ Ｓ ｔ ａ ｒ ｔ Ｆ ａ ｓ ｔ ｐｆ ｕ Ｄ Ｎ Ａ Ｐ ｏ ｌ ｙ ｍ ｅ ｒ ａ ｓ ｅ ２?? ５ Ｕ ∕ μ Ｌ ? １ ５?? ５ μ Ｌ ｄｄ Ｈ ２ Ｏ . Ｐ Ｃ Ｒ 儀 Ａ Ｂ Ｉ ９ ７００ ? Ｔ ｈ ｅ ｒ ｍ ｏ ? Ｕ ＳＡ 進 行 ? 反 應 程 序 ９５ ℃ 預 變 性 ３ ｍ ｉ ｎ ? ９５ ℃ 變 性 ３ ０ ｓ ? ５ ６ ℃ 退 火 ３０ ｓ ? ７ ２ ℃ 延 伸 １ ｍ ｉ ｎ ? 共 ２５ 個 循 環 ? ７２ ℃ 延 伸 １０ ｍ ｉ ｎ . Ｐ Ｃ Ｒ 產 物 經 １ ％ 瓊 脂 糖 凝 膠 電 泳 檢 測 后 ? 使 用 Ａ ｘ ｙ Ｐ ｒ ｅ ｐ Ｄ Ｎ Ａ Ｇ ｅ ｌ Ｅ ｘ ｔ ｒ ａ ｃ ｔ ｉ ｏ ｎ Ｋ ｉ ｔ Ａ ｘ ｙ Ｐ ｒ ｅ ｐ ? 杭 州 切 膠 回 收 Ｐ Ｃ Ｒ 產 物 . 采 用 Ｑ ｕａ ｎ ｔ ｉ Ｆ ｌ ｕ ｏ ｒ Ｔ Ｍ ￣ Ｓ Ｔ Ｐ ｒ ｏ ｍ ｅ ｇ ａ ? Ｕ ＳＡ 藍 色 熒 光 定 量 系 統 定 量 檢 測 Ｐ Ｃ Ｒ 產 物 濃 度 . 按 照 每 個 樣 本 測 序 量 要 求 ? 根 據 精 確 定 量 結 果 進 行 相 應 比 例 的 混 合 ? 建 立 復 制 子 文 庫 ? 使 用 Ｉ ｌ ｌ ｕｍ ｉ ｎａ Ｍ ｉ Ｓｅ ｑ 平 臺 進 行 高 通 量 測 序 . １ ?? ４ 數 據 處 理 使 用 Ｍ ｏ ｔ ｈｕ ｒ 軟 件 對 Ｉ ｌ ｌ ｕｍ ｉ ｎａ 測 序 結 果 進 行 分 析 [ １ ７ ] ? 去 掉 測 序 質 量 不 好 的 序 列 ? 刪 除 長 度 小 于 ２ ０ ０ ｂｐ 的 序 列 ? 并 根 據 序 列 兩 端 ｂａ ｒ ｃ ｏ ｄｅ 和 引 物 區 分 樣 ６ ７ ５ １第 ９ 期 王 怡 等 基 于 Ｍ ｉ Ｓ ｅ ｑ 測 序 分 析 酸 性 農 作 物 土 壤 細 菌 群 落 結 構 與 多 樣 性 品 ? 去 掉 引 物 序 列 和 ｂ ａ ｒ ｃ ｏ ｄ ｅ ｓ 序 列 ? 最 終 得 到 有 效 的 序 列 文 件 . 采 用 Ｕ ｓ ｅ ａ ｒ ｃ ｈ 平 臺 ｖ ７?? １ ? ｈ ｔ ｔ ｐ ∕ ∕ ｄｒ ｉ ｖ ｅ ５ . ｃ ｏ ｍ 對 所 有 序 列 進 行 Ｏ Ｔ Ｕ ｓ ｏ ｐ ｅ ｒ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ａ ｌ ｔ ａ ｘ ｏ ｎｏ ｍ ｉ ｃ ｕ ｎｉ ｔ ｓ ? 操 作 分 類 單 元 劃 分 ? 采 用 Ｒ Ｄ Ｐ ｃ ｌ ａ ｓ ｓ ｉ ｆ ｉ ｅ ｒ 貝 葉 斯 算 法 對 ９７ ％ 相 似 水 平 的 Ｏ Ｔ Ｕ 代 表 序 列 進 行 分 類 學 分 析 ? 比 對 數 據 庫 采 用 ＳＩ Ｌ Ｖ Ａ ｖ １１１ １ ６ Ｓ ｒ Ｒ Ｎ Ａ 參 考 數 據 庫 ｈ ｔ ｔ ｐ ∕ ∕ ｗ ｗ ｗ . ａ ｒ ｂ ｓ ｉ ｌ ｖ ａ . ｄｅ . 利 用 Ｍ ｏ ｔ ｈｕｒ 軟 件 計 算 Ａ ｌ ｐ ｈａ 多 樣 性 指 數 ? 如 菌 群 Ｃ ｈ ａ ｏ １ 豐 度 指 數 [ １ ８ ] 、 Ｓｈ ａ ｎ ｎｏ ｎ ￣ Ｗ ｉ ｅ ｎｅ ｒ 多 樣 性 指 數 [ １ ９ ] 、 Ｇ ｏ ｏ ｄ ′ ｓ Ｃ ｏ ｖ ｅ ｒ ａ ｇ ｅ 測 序 深 度 指 數 [ ２ ０ ] 等 . 對 于 Ｂ ｅ ｔ ａ 多 樣 性 分 析 ? 使 用 Ｂ ｒ ａ ｙ ￣ Ｃ ｕｒ ｔ ｉ ｓ 矩 陣 對 計 算 得 到 的 Ｏ Ｔ Ｕ 組 成 及 豐 度 ? 構 建 多 樣 本 相 似 性 水 平 系 統 進 化 樹 圖 . 采 用 Ａ ｎｏ ｓ ｉ ｍ 相 似 性 分 析 探 究 土 壤 總 細 菌 與 可 培 養 細 菌 群 落 結 構 的 差 異 性 ? 其 中 差 異 指 數 Ｒ 計 算 公 式 為 Ｒ ＝ ４ ｒ ｂ － ｒ ｗ ∕ [ ｎ ｎ － １ ] １ 式 中 ? ｒ ｂ 為 組 間 差 異 秩 的 平 均 值 ? ｒ ｗ 為 組 內 差 異 秩 的 平 均 值 ? ｎ 為 總 的 樣 本 個 數 . 使 用 ＳＰ Ｓ Ｓ Ｉ Ｂ Ｍ ＳＰ ＳＳ Ｓ ｔ ａ ｔ ｉ ｓ ｔ ｉ ｃ ｓ ２５ ?? ０?? ０ 軟 件 確 定 土 壤 理 化 因 子 與 土 壤 總 細 菌 門 水 平 上 細 菌 相 對 豐 度 的 Ｓ ｐ ｅ ａ ｒ ｍ ａ ｎ 相 關 性 ? 并 使 用 Ｒ 語 言 的 ｈｅ ａ ｔ ｍ ａ ｐ 函 數 構 建 二 者 的 熱 圖 . 使 用 Ｖ ｅ ｇ ａ ｎ 包 對 土 壤 理 化 因 子 進 行 Ｂ ｉ ｏ ｅ ｎ ｖ 分 析 ? 尋 找 最 佳 的 理 化 因 子 組 合 ? 隨 后 使 用 Ｃ ａ ｎｏ ｃ ｏ ５ 軟 件 構 建 細 菌 多 樣 性 與 土 壤 理 化 因 子 的 相 關 性 . 使 用 Ｍ Ｅ Ｇ Ａ ６ 軟 件 [ ２ １ ] 構 建 ｎｅ ｉ ｇ ｈｂ ｏ ｒ ￣ ｊ ｏ ｉ ｎ ｉ ｎ ｇ 系 統 進 化 樹 ? 用 以 確 定 豐 度 較 高 Ｏ Ｔ Ｕ 的 生 境 關 系 . 土 壤 總 細 菌 與 可 培 養 細 菌 的 高 通 量 測 序 數 據 存 放 于 Ｎ Ｃ Ｂ Ｉ 的 Ｓｈｏ ｒ ｔ Ｒ ｅ ａ ｄ Ａ ｒ ｃ ｈｉ ｖ ｅ ＳＲ Ａ 數 據 庫 中 ? 序 列 號 分 別 為 ＳＲ Ｐ １０９ ８ ２４ 和 Ｓ Ｒ Ｐ １ １０５ ９１ . 將 土 壤 總 細 菌 Ｏ Ｔ Ｕ 豐 度 位 于 前 ３０ 位 的 各 序 列 上 傳 至 Ｎ Ｃ Ｂ Ｉ 中 ? 序 列 號 為 Ｍ Ｆ ３ ４ ７９４２ Ｍ Ｆ ３４７ ９７１ Ｏ Ｔ Ｕ １ Ｏ Ｔ Ｕ ３０ . ２ 結 果 與 討 論 ２ ?? １ 土 壤 理 化 性 質 由 表 １ 可 見 ? ６ 種 農 作 物 土 壤 呈 現 出 不 同 的 酸 化 程 度 ? 土 壤 ｐＨ 為 ４?? ３９ ６?? ６９ . 玉 米 地 和 山 藥 地 土 壤 酸 化 程 度 最 為 嚴 重 ｐＨ ５ ? 且 玉 米 地 和 山 藥 地 土 壤 中 ｗ Ｔ Ａ ｌ 與 其 他 農 作 物 土 壤 相 比 明 顯 較 高 Ｐ ０?? ０ ５ ? 而 ｗ Ｔ Ｃ ａ 幾 乎 均 明 顯 較 低 Ｐ ０ ?? ０５ . 這 與 Ｊ Ｕ 等 [ ２ ２ ] 的 研 究 結 果 一 致 ? 即 土 壤 嚴 重 酸 化 能 夠 明 顯 提 高 土 壤 中 ｗ Ｔ Ａ ｌ . 該 研 究 土 壤 中 ｗ 有 效 態 Ｃ ａ 與 ｗ 有 效 態 Ａ ｌ 呈 負 相 關 ? 這 間 接 驗 證 了 Ｌ ａ ｗ ｒ ｅ ｎ ｃ ｅ 等 [ ２ ３ ] 提 出 的 酸 沉 降 導 致 土 壤 鋁 活 化 是 北 美 森 林 鈣 缺 失 的 主 要 原 因 的 觀 點 . ６ 種 酸 性 土 壤 中 ｗ Ｔ Ｃ 、 ｗ Ｔ Ｎ 、 ｗ Ｔ Ｐ 分 別 為 １ ６ ?? ２ ２ ３ ?? ９、 ２ ?? １ １ ２ ?? ７ ５、０ ?? ５ １ ０ ?? ９５ ｇ ∕ ｋｇ ? 與 新 疆 烏 蘇 泥 火 山 土 壤 [ ２ ４ ] 非 常 相 近 . 農 作 物 土 壤 中 氮 、 磷 及 有 機 質 的 來 源 不 僅 與 農 家 肥 或 化 肥 的 大 量 施 用 有 關 ? 而 且 與 微 生 物 降 解 的 活 動 有 關 . 因 此 ? 考 察 土 壤 的 理 化 性 質 能 夠 正 確 指 導 作 物 的 選 育 與 耕 作 ? 也 為 定 性 確 定 土 壤 微 生 物 群 落 結 構 、 利 用 微 生 物 改 變 土 壤 的 性 質 而 打 下 理 論 基 礎 . 表 １ ６ 種 農 作 物 土 壤 的 理 化 性 質 Ｔ ａ ｂ ｌ ｅ １ Ｐ ｈ ｙ ｓ ｉ ｃ ｏ ｃ ｈ ｅ ｍ ｉ ｃ ａ ｌ ｐ ｒ ｏ ｐ ｅ ｒ ｔ ｉ ｅ ｓ ｏ ｆ ｄ ｉ ｆ ｆ ｅ ｒ ｅ ｎ ｔ ｃ ｒ ｏ ｐ ｓ ｏ ｉ ｌ ｓ 土 壤 類 型 ｐ Ｈ ｗ ∕ ｇ ∕ ｋ ｇ Ｔ Ｎ Ｔ Ｃ Ｔ Ｐ Ｔ Ａ ｌ Ｔ Ｃ ａ 玉 米 地 ４ ?? ６ ７ ０ ?? ２ ４ ｃ ２ ?? ３ ３ ０ ?? ７ ４ ａ ２ ０ ?? ６ ８ ?? ３ ４ ａ ０ ?? ９ ５ ０ ?? １ ２ ａ １ ２ ４ ?? ６ ５ ?? ２ ５ ａ １ ?? １ １ ０ ?? ７ ２ ｂ 煙 草 地 ６ ?? ６ ９ ０ ?? ４ ５ ａ ２ ?? １ １ ０ ?? ４ ０ ａ １ ６ ?? ３ ２ ?? ９ ７ ａ ０ ?? ５ ９ ０ ?? ０ ５ ｂ ｃ ８ ６ ?? ８ ９ ?? ４ ７ ｂ ２ ?? ７ １ ０ ?? ７ １ ａ 萵 苣 地 ５ ?? １ ６ ０ ?? ３ ０ ｂ ｃ ２ ?? ７ ５ ０ ?? ２ ３ ａ ２ ３ ?? ９ １ ?? ４ ６ ａ ０ ?? ６ １ ０ ?? ０ ２ ａ ｂ ｃ ８ ５ ?? ３ ３ ?? ５ ２ ｂ １ ?? ９ ５ ０ ?? ３ ３ ａ ｂ 山 藥 地 ４ ?? ３ ９ ０ ?? ２ ９ ｃ ２ ?? ４ ４ ０ ?? ５ ０ ａ ２ １ ?? ０ ３ ?? ３ ３ ａ ０ ?? ８ ７ ０ ?? １ ９ ａ ｂ １ ３ ４ ?? ０ ９ ?? ６ ４ ａ １ ?? ６ ９ ０ ?? ２ ３ ａ ｂ 白 菜 地 ６ ?? ３ ４ ０ ?? ５ １ ａ ｂ ２ ?? ３ ６ ０ ?? ２ ２ ａ １ ９ ?? ９ ３ ?? ７ ６ ａ ０ ?? ５ ４ ０ ?? ０ ６ ｂ ｃ ９ ７ ?? ０ ５ ?? ６ ２ ｂ ２ ?? ７ ３ ０ ?? ５ １ ａ 草 莓 地 ５ ?? ９ ８ ０ ?? ６ ８ ａ ｂ ２ ?? １ １ ０ ?? ４ ３ ａ １ ６ ?? ２ ３ ?? ３ ８ ａ ０ ?? ５ １ ０ ?? １ ８ ｃ １ ０ ２ ?? １ ３ ?? ４ ２ ｂ ２ ?? ９ １ ０ ?? ２ １ ａ注 試 驗 結 果 為 ３ 個 重 復 試 驗 的 結 果 . 同 一 列 中 不 同 字 母 代 表 顯 著 性 差 異 Ｐ ０ ?? ０ ５ . 下 同 . ２?? ２ 細 菌 群 落 的 多 樣 性 分 析 ２?? ２?? １ Ａ ｌ ｐ ｈａ 多 樣 性 分 析 根 據 ９７ ％ 的 相 似 度 ? 將 有 效 序 列 聚 類 為 用 于 物 種 分 類 的 Ｏ Ｔ Ｕ . 經 統 計 ? ６ 種 農 作 物 土 壤 樣 品 中 總 細 菌 共 有 ４ ００ ８ 個 Ｏ Ｔ Ｕ ? 而 其 中 可 培 養 細 菌 共 有 ９７ 個 Ｏ Ｔ Ｕ ? 且 平 均 測 序 讀 長 分 別 為 ４ ３８ 和 ４４９ ｂ ｐ . 土 壤 總 細 菌 的 Ｃ ｈ ａ ｏ １ 豐 富 度 指 數 和 Ｓ ｈａ ｎｎｏ ｎ ￣ Ｗ ｉ ｅ ｎｅ ｒ 多 樣 性 指 數 均 明 顯 Ｐ ０?? ０５ 高 于 可 培 養 細 菌 見 表 ２ . 由 此 表 明 ? 土 壤 中 可 培 養 細 菌 種 類 在 土 壤 總 細 菌 中 的 占 比 不 足 １ ％ . 此 外 ? 土 壤 總 細 菌 的 Ｏ Ｔ Ｕ 數 量 、 Ｃ ｈａ ｏ １ 豐 富 度 指 數 和 Ｓｈ ａ ｎ ｎｏ ｎ ￣ Ｗ ｉ ｅ ｎ ｅ ｒ 多 樣 性 指 數 在 這 ６ 種 農 作 物 土 壤 之 間 存 在 顯 著 差 異 Ｐ ０ ?? ０ ５ ? 表 明 ６ 種 農 作 物 土 壤 中 細 菌 的 豐 度 和 多 樣 性 存 在 差 異 ? 需 要 進 一 步 探 究 決 定 這 種 差 異 的 理 化 因 子 . 對 于 ６ 種 農 作 物 ７ ７ ５ １ 環 境 科 學 研 究 第 ３ ２ 卷表 ２ 不 同 土 壤 樣 品 中 Ａ ｌ ｐ ｈ ａ 多 樣 性 指 數 Ｔ ａ ｂ ｌ ｅ ２ Ａ ｌ ｐ ｈ ａ ｄ ｉ ｖ ｅ ｒ ｓ ｉ ｔ ｙ ｉ ｎ ｄ ｅ ｘ ｉ ｎ ｄ ｉ ｆ ｆ ｅ ｒ ｅ ｎ ｔ ｓ ｏ ｉ ｌ ｓ ａ ｍ ｐ ｌ ｅ ｓ 處 理 土 壤 類 型 Ｏ Ｔ Ｕ 數 量 ∕ 個 Ｃ ｈ ａ ｏ １ 豐 富 度 指 數 Ｇ ｏ ｏ ｄ ′ ｓ Ｃ ｏ ｖ ｅ ｒ ａ ｇ ｅ 測 序 深